உயர்கல்வித்துறை அமைச்சராக இருந்த பொன்முடிக்கு எதிரான சொத்துக்குவிப்பு வழக்கில் அவரை குற்றவாளி என அறிவித்து 3 ஆண்டுகள் சிறை தண்டனையை சென்னை உயர்நீதிமன்றம்வழங்கியது. மேலும் ரூ. 50 லட்சம் அபராதம் விதிக்கப்பட்டது.மேலும் மேல் முறையீட்டுகாக 30 நாட்களுக்குத் தீர்ப்பு நிறுத்தி வைக்கபடுவதாகவும் நீதிபதி தெரிவித்தார்.
குற்றவாளி என அறிவிக்கப்பட்டதால் பொன்முடியின் அமைச்சர் பதவி மற்றும் எம்.எல்.ஏ பதவியை இழந்தார். இதையடுத்து பொன்முடி வகித்து வந்த உயர் கல்வித்துறை யாரிடம் ஒப்படைக்கப்படும் என்று கேள்வி எழுந்தது. இந்நிலையில், தற்போது பிற்படுத்தப்பட்டோர் சிறுபான்மையினர் நலத்துறை அமைச்சராக உள்ள ராஜ கண்ணப்பனுக்கு கூடுதலாக உயர்கல்வித்துறை இலாக்கா வழங்கப்பட்டுள்ளது. அமைச்சரவையில் மூத்த அமைச்சர் என்பதால் இந்த பொறுப்பு ராஜகண்ணப்பனுக்கு வழங்கப்பட்டுள்ளது.
இதனால் பொன்முடி வகித்த உயர்கல்வி, அறிவியல் தொழில்நுட்பத் துறைகளை இனி அமைச்சர் ராஜகண்ணப்பன் கவனிப்பார் தெரிவிக்கப்பட்டுள்ளது. அமைச்சர் ராஜகண்ணப்பனுக்கு உயர்கல்வித்துறை இலாக்கா வழங்குவது குறித்து ஆளுநருக்கு முதல்வர் மு.க ஸ்டாலின் கடிதம் எழுதியுள்ளார். கடந்த 2021 ஆம் ஆண்டு ராஜ்கண்ணப்பன் போக்குவரத்து துறை அமைச்சராக இருந்தார்.
அவர் பதவியேற்ற பிறகு அவர் மீது சில விமர்சனங்கள் எழுந்த நிலையில் பிற்படுத்தப்பட்டோர் சிறுபான்மையினர் நலத்துறை அமைச்சராக மாற்றப்பட்டார். இதற்கு முன் சிறையில் உள்ள அமைச்சர் செந்தில் பாலாஜியின் துறைகள் தங்கம் தென்னரசு, முத்துசாமி ஆகியோருக்கு கூடுதலாக வழங்கப்பட்டது என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
